Fue en febrero de 2020 cuando Pablo Aguilar fue operado de la rotura de ligamento cruzado en la rodilla izquierda. 

Ocho meses después, el paraguayo vio actividad otra vez en Cruz Azul, aunque lo hizo en partido pendiente de la Sub 20 ante Santos, duelo que ganó La Máquina por 2-1. 

Aguilar fue titular para comenzar su toma de ritmo y apoyar en la defensa celeste a Julio Domínguez, una vez que se completó la salida de Igor Lichnovsky al futbol de Arabia. 

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